Сделала отделку в помещении: штукатурка, грунтовка, обои и с одной стороны стены назначила доп. боковую поверхность - плитка. И вот в чем беда - площадь обоев, грунтовки и штукатурки становится меньше ровно на площадь плитки. В чем дело - ума не приложу, может как-то саму экспликацию нужно поправить или я что-то делаю не так....

Дело в том, что доп. боковая поверхность имеет более высокий приоритет, чем отделка в помещении. Можете в справке почитать
Для того, чтобы Ведомость отделки все правильно посчитала, нужно помнить, что при назначении доп. боковой поверхности требуется задавать весь слой отделки, которая должна быть под ней (весь "пирожок")